ในการปฏิวัติเปลี่ยนแปลงการปกครองของลิเบียเมื่อวันที่ 1 กันยายน ค.ศ. 1969 พระองค์และพระสวามีประทับอยู่ในประเทศตุรกี ต่อมาทั้งสองพระองค์ได้พำนักอยู่ในบ้านพักแห่งหนึ่งในไคโร ประเทศอียิปต์ ภายใต้การคุ้มครองของญะมาล อับดุนนาศิรผู้นำอียิปต์ในขณะนั้น[2] ซึ่งมาจากการที่เขายึดทรัพย์สินจากฝ่ายตรงข้าม[2] ซึ่งในพระตำหนักมีราชองครักษ์ และทั้งสองพระองค์จะมีรายได้ 10,000 ปอนด์อียิปต์ต่อปี[3]

หลังจากการปฏิวัติล้มล้างระบอบกษัตริย์ในลิเบีย พระองค์ได้พยายามขึ้นฟ้องต่อศาลประชาชนของลิเบียในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. 1971 แต่กลับถูกพิพากษาให้ถูกจำคุก 5 ปี และทรัพย์สมบัติของพระองค์ก็ถูกยึดเป็นของรัฐ ต่อมาภายหลังได้มีการส่งมอบพระตำหนักส่วนพระองค์ในกรุงตรีโปลีคืนแก่พระองค์ในปี ค.ศ. 2007

อดีตสมเด็จพระราชินีฟาฏิมะฮ์ได้เสด็จสวรรคตเมื่อวันที่ 3 ตุลาคม ค.ศ. 2009 ณ ไคโร ประเทศอียิปต์ สิริรวมพระชนมายุได้ 98 พรรษา[6] และพระศพถูกฝังไว้ที่สุสานฮัมซะฮ์ อัลมะดีนะฮ์ ประเทศซาอุดิอาระเบีย